Сфера деятельности: Образование, Исследования
Используемые продукты JetBrains: MPS
Число сотрудников: 5,000-10,000
Страна: США
Система MetaR была разработана с помощью JetBrains MPS в Центре клинических и трансляционных исследований Weill Cornell Medicine, чтобы ученым, занимающимся медико-биологическими исследованиями, было просто выполнять анализ данных, обладая минимальными навыками программирования.
«MetaR упрощает анализ данных с помощью языка R. MPS создает новые уникальные возможности для развития MetaR».
— Мануэле Сими, старший разработчик, Weill Cornell Medicine
Инструменты для анализа данных незаменимы в биологии. Те, что доступны сегодня, создавались с использованием технологий, разрабатываемых десятилетиями. К анализу данных часто привлекают врачей и биологов, поскольку именно они обладают знаниями об экспериментах, из которых получены данные, и лучше других подходят на роль аналитиков. Однако порой этому препятствуют ограниченный опыт программирования и сложность языков для статистического анализа.
Язык R широко используется для анализа данных в биологии. Эксперты в области биостатистики и биоинформатики разработали множество пакетов R для высокопроизводительных вычислений при анализе биологически данных. Однако для использования гибких возможностей R, необходимо получить знания в области статистики и программирования, и это занимает много времени.
В MetaR используется технология Language workbench для создания набора языков, адаптированных к потребностям биологов. Эти языки автоматически генерируют R-код, чтобы у пользователей был доступ к преимуществам пакетов. MetaR — это интегрированная среда, которая позволяет самостоятельно производить анализ с минимальным знанием синтаксиса языка. Автодополнение в проекционных редакторах и использование элементов из разных языков, помогают устанавливать ссылки между объектами и избегать опечаток.
Важная особенность платформы MetaR заключается в том, что она объединяет в себе пользовательский интерфейс и написание скриптов. Это позволяет более эффективно анализировать данные. Специалисты могут разрабатывать упрощенные языки, которые не требуют опыта программирования и ведут себя как графические интерфейсы, сохраняя при этом преимущества программного подхода. MetaR также позволяет выполнять анализ в нативных и виртуальных окружениях.
Поскольку работа с большими данными часто требует использования таблиц, Table является ключевым элементом MetaR. Таблицы импортируются в модели MetaR, а затем анализируются с помощью <1>metar-операторов<1> внутри элементов Analysis.
MetaR-операторы — это декларативные языковые конструкции, которые устраняют необходимость знать синтаксис языка. Это помогает быстро освоить инструмент тем, кто только начинает работать и не владеет навыками программирования.
Пример таблицы, импортированной в MetaR:
Пример скрипта анализа:
Приведенный скрипт представляет собой довольно распространенный набор процедур при анализе данных: импортировать таблицу (metar-оператор import), обработать данные (limma voom — популярный метод статистического анализа для сравнения наборов генов), преобразовать их (join, subset rows), представить результаты (heatmap) и визуализировать/сохранить их (multiplot, render).
В этом примере использованы лишь несколько metar-операторов, доступных в MetaR. Это универсальный инструмент, который можно легко расширять для поддержки различных способов анализа и визуализации данных. Можно создавать и добавлять новые metar-операторы, которые легко интегрируются с теми, что уже есть в элементах Analysis.
MetaR могут использовать:
Мы периодически проводим занятия для сотрудников, студентов, постдоков и исследователей в одном из наших учреждений (Мемориальном онкологическом центре им. Слоуна-Кеттеринга, Больнице специальной хирургии, Нью-Йоркской пресвитерианской больнице, Хантерском колледже и Корнельском университете). Часто в семинарах участвуют специалисты из других учреждений Нью-Йорка. Оказалось, что новички справляются с заданиями в MetaR менее чем за два часа, в то время как для более традиционного обучения R и его пакетам требуется несколько занятий (6–24 часа) и обширный технический опыт.
MetaR упрощает анализ данных с помощью языка R. MPS создает новые уникальные возможности для развития MetaR:
MetaR распространяется как набор плагинов для MPS.
Мануэле Сими, старший разработчик, Weill Cornell Medicine
Twitter: @ManueleSimi
Diederik Dulfer, представитель Налоговой и таможенной администрации Нидерландов
Платформа JetBrains MPS позволила нам создать понятный язык для применения голландского налогового законодательства. Мы используем этот язык для ведения и тестирования налоговых расчетов и генерации исходного кода для целевых платформ.
Мэтт Лукас, руководитель продукта, RoadBotics
Одной из причин, побудивших нас перейти на WebStorm, было наличие в его стандартной комплектации множества премиальных возможностей, которые позволили быстро приступать к работе и снизить зависимость от стороннего ПО. Кроме того, централизация всех лицензий на программное обеспечение позволила нам проще управлять доступом к инструментам разработки.
Александр Штанов, тимлид, Skillaz
Мы выбрали JetBrains, потому что это целая экосистема инструментов, которые не только повышают нашу продуктивность, но и помогают во многом другом