IntelliJ IDEA Ultimate включает всю функциональность WebStorm: часть доступна из коробки, часть — в рамках бесплатных плагинов. Вам не нужно приобретать отдельные лицензии на IntelliJ IDEA Ultimate и WebStorm. Это имеет смысл, только если вы предпочитаете иметь отдельный инструмент для JavaScript.