TeamCity ウェブ UI の、Administration（管理）| Diagnostics（診断）ページには、Restart Server（サーバーの再起動）ボタンがあります。 TeamCity では、Administration（管理）| Plugins（プラグイン）ページでプラグインのアップロードや無効化を行った場合にサーバーを再起動するための Restart server to apply the changes（サーバーを再起動して変更を適用する）ボタンもページの上部に表示されます。 また、コマンドラインから TeamCity サーバーを再起動することも可能です。こちらの記事で説明されているように、サーバーを停止してから起動するコマンドがあります。
サーバーの再起動中はエージェントが起動済みのビルドを実行し続け、サーバーが再びオンラインになった時点でこれらのビルドの結果がアップロードされます。